হরিপুর ইউনিয়ন অন্যতম নদী নাগর নদী। নাগর নদী ভারত হতে উৎপন্ন হয়ে পঞ্চগড় জেলা দিয়ে বাংলাদেশে প্রবেশ করেছে এবং পঞ্চগড়ের আটোয়ারী উপজেলা থেকে বালিয়াডাঙ্গী উপজেলায় প্রবেশ করে ঠাকুরগাঁও এর পশ্চিম সীমান্ত দিয়ে প্রবাহিত হয়ে অবশেষে হরিপুর উপজেলা হয়ে পুনরায় ভারতে প্রবেশ করেছে। তীরনই নদী এবং নোনা খাল, নামে এই নদীতে মিশেছে। এদের মিলিত স্রোতধারা জেলার পশ্চিম অংশ দিয়ে প্রবাহিত হয়ে থাকে।